Bir hacker insanların gerçeklik diye algıladığı şeyin aslına bakarsak makineler tarafınca yaratılan bir simülasyon bulunduğunu öğrenir ve bundan kurtulmak için isyancılara katılır.

Elit bir yazılım şirketinde çalışan Thomas Anderson (Keanu Reeves), gecelerini "Neo" adı altında program kırarak ve Matrix'i araştırarak geçirir. Esrarengiz şekilde Trinity (Carrie Ann Moss) ve Morpheus (Laurence Fishburne) ile tanışan Neo, yaşamış olduğu dünyanın aslına bakarsak beyninde gerçekleşen bir simulasyon olduğu gerçeğini öğrendikten sonrasında ordan kurtarılır ve Morpheus'un önderliğindeki ekibe katılır. Neo gerçek dünyada ilk nefesini aldıktan sonrasında simulasyona yeniden girerek Matrix'in ne işe yaradığını kavrayacak ve kurtarılma nedenini öğrenerek gelişen vakalar çerçevesinde yeni kimliğini tanımaya çalışacaktır.